从目前监测报告来看，流行的霍乱弧菌菌株耐药已开始出现多耐药问题，但尚不严重，还没有像结核杆菌等引起治疗问题。不同地区和不同流行时间的菌株耐药性有不同。20世纪70年代在全球进行的霍乱弧菌抗生素敏感性监测显示，大多数菌株对用于腹泻性疾病治疗的抗生素是敏感的。然而，90年代以后，关于霍乱弧菌产毒株耐药的报道在许多国家逐渐增多，其中许多是关于多耐药菌株的（MAR）。例如，1990～1991年在赞比亚分离的霍乱弧菌只有2%～3%的耐药株，而1991～2004年，对四环素、氯霉素、多西环素和磺胺甲癦唑的耐药就分别上升至95%、78%、70%和97%。喀麦隆分离的菌株对磺胺甲癦唑、四环素、氯霉素、链霉素和氨苄西林多重耐药。世界各地霍乱菌株耐药的情况还比较复杂，耐药的抗生素的种类差别很大，即使是在地理位置相邻的区域。O139群霍乱弧菌出现以后，大部分菌株对磺胺甲癦唑、甲氧苄啶、链霉素耐药，对其他抗生素的耐药性也显著提高。

目前我国监测资料显示，我国O1群埃尔托型菌株的耐药情况尚不严重，除萘啶酮酸、四环素和复方新诺明的耐药率上升到近30%外，其他如氨苄西林、头孢曲松、诺氟沙星、氯霉素、多西环素、阿奇霉素、呋喃妥因、庆大霉素、阿米卡星的敏感率都在95%以上。但需注意近年耐药率正逐步上升。对于O139群菌株，基本与国外菌株的报道相似，存在多重耐药问题，实验分析发现超过半数的菌株对氯霉素、卡那霉素、萘啶酮酸、四环素、氨苄西林和复方新诺明耐药，大部分O139群霍乱弧菌对链霉素、红霉素和多粘菌素B呈现耐药或者中度耐药。